Hunaja on kuumentamatonta elävää ravintoa, joten siinä saattaa esiintyä Clostridium botulinum bakteerin itiöitä. Näitä itiöitä tavataan suhteellisen yleisesti esimerkiksi maaperässä ja pölyssä. Imeväisikäisillä lapsilla ruoansulatuskanavaan päässeet itiöt voivat aiheuttaa sairastumisen, koska ruoansulatuskanavan ja suoliston normaalifloora ei ole vielä kehittynyt.

Hunajaa ei tämän vuoksi suositella alle 1-vuotiaille lapsille ja siksi hunajapakkauksissa on varoitusmerkintä: vain yli 1-vuotiaille.

Yli vuoden ikäisille lapsille ja aikuisille Clostridium botulinum bakteerin itiöt ovat vaarattomia ja he voivat käyttää hunajaa makeutusaineena päivittäin.  

Myös odottava tai imettävä äiti voi huoletta käyttää hunajaa, sillä mahdolliset itiöt eivät kulkeudu äidin tai äidinmaidon kautta lapseen.